Depuis sa création en 1882, l'Observatoire Océanologique de Banyuls (de son ancien nom Laboratoire Arago) épie, ausculte et enregistre sans relâche l'environnement continental et marin. Les séries de données acquises depuis plus de 20 ans par le BOSS (Banyuls Observation Sea Service) constituent l'une des bases les plus longues et les plus complètes disponibles en Méditerranée. L'originalité de cette base repose sur le fait d'échantillonner un gradient côte large unique en sortie du golfe du Lion sous influence des apports continentaux et de la circulation générale. Le BOSS est engagé dans l'observation à long terme de la biogéochimie côtière et hauturière afin de comprendre la variabilité naturelle de l'écosystème, les tendances à long terme qui peuvent se produire en fonction de la variabilité climatique et l'apparition de perturbations extrêmes à court terme. La mission est en phase avec les programmes nationaux et internationaux (SOMLIT, OSD, MOOSE, MISTRALS, GOS) qui insistent sur l'importance de maintenir des réseaux d'observation pour comprendre les effets du changement climatique et est une activité indispensable du Laboratoire.   Le service est actuellement impliqué dans l'échantillonnage de routine à trois stations d'observation dans le golfe du Lion (Méditerranée occidentale) le long d'un gradient côte-large en utilisant les moyens à la mer de l’Observatoire (navire de station Néréis II):

1. Station SOLA (Service d’Observation du Laboratoire Arago) : située à 0,5 mille de l'Observatoire (42°29'300 N – 03°08’700 E), à la verticale de fonds sablo-vaseux et par 27m de profondeur. Cette station est le site SOMLIT suivie de façon hebdomadaire depuis 1997 avec des prélèvements à deux profondeurs (surface et fond) et des profils de sonde.
2. Station POLA (Plateau Observatoire Laboratoire Arago) : située à 5 milles au large de l’Observatoire (42°28'300 N – 03°15'500 E) sur des fonds d’environ 95m. Cette station est suivie de façon mensuelle depuis 2005.
3. Station MOLA (Microbial Observatory Laboratoire Arago) : située sur le flanc nord du canyon Lacaze-Duthiers à 19 milles de la côte (42°27.200’ N – 03°32.600’ E) sur des fonds d’environ 600m. Cette station, identifiée dans le réseau MOOSE, est suivie de façon mensuelle depuis 2003, avec des prélèvements à six profondeurs différentes et des profils de sonde.

  Les paramètres physiques et chimiques acquis aux différentes stations sont les suivants: température, salinité, pH, oxygène dissous, nitrate, nitrite, silicate, ammonium, phosphate, MES, carbone organique particulaire, azote organique particulaire, isotopes stables 13C et 15N, et chlorophylle. Les paramètres biologiques sont: la production bactérienne (incorporation de leucine), le phytoplancton et l'abondance bactérienne par cytométrie de flux, la structure de la communauté bactérienne par extraction d'ADN / ARN et le séquençage de nouvelle génération. Toutes les stations sont suivies selon le même protocole analytique que celui de la station SOLA dans le cadre du programme SOMLIT.   Le BOSS a mis en place depuis 2008 une activité de conception et de développement technologique de systèmes complets déployés in situ pour constituer des observatoires marins automatisés permettant l'obtention de grandes séries de données à haute fréquence et donc l'accès à la variabilité à petite échelle complémentaire à l'observation classique par échantillonnage. Le BOSS déploie à ce titre une bouée instrumentée sur le site SOLA depuis 2010 qui fournit des données haute fréquences sur les paramètres météo et physico-chimiques de surface toutes les 15 minutes. Cette bouée est identifiée dans le réseau national haute fréquence COAST-HF. L’offre de service du BOSS va prochainement s‘enrichir dans le cadre du développement de la plate-forme technologique régionale REMIMED (REseau Marin Instrumenté en MEDiterranée) d’accès pour des utilisateurs académiques et privés à un réseau marin instrumenté haute fréquence par le biais de moyens à la mer (navires, hommes d'équipage, service de plongée, Rosette/CTD, ROV…), des bouées océanographiques automatisées du service et d'un site pilote d'observation câblé sous-marin positionné à SOLA.